宠物小精灵13幻影的霸者索罗亚克

出现了炎帝、水君、雷公分别对城市的袭击，雪拉比被一群铁面忍者追逐，反派人物登场，ゾロア的出现。另外，ゾロアーク亦可分别变成炎帝、水君、雷公以及小智的样子。　　旁白台词说到：包围世界的「时间波纹」的能量，那时雪拉比看到的未来是…！？　　王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的『神奇宝贝足篮世界杯』，小智一行人向王冠市前进。在旅途中，小智们与正在寻找同伴的神奇宝贝『索罗亚』相遇，并一起结伴同行。就在此时，被称为『索罗亚克』的神奇宝贝竟然化身成为雷公、炎帝、水君的模样，在王冠市的街道上大搞破坏。就连相隔了20年再度回到这座城市的雪拉比，也面临了危险…。王冠市到底面临着什么样的危机？幻影的霸者『索罗亚克』的身份究竟是？雪拉比的命运又会如何？小智和皮卡丘是否能够解救城里遭遇危险的神奇宝贝们？