这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。立志成为神奇宝贝训练大师的小智胸中怀着新的理想，带者皮卡丘终于来到了芳缘地方在路上认识了刚成为神奇宝贝训练员的小遥和她弟弟小正以及在路上会和的小刚结伴为了追寻梦想和冒险开始方缘地方的旅程……《宠物小精灵超世代》（Pokémon Advanced Generation）共分为芳缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。