候鸟e人的故事主轴，围绕着一群关心候鸟生态的年轻人，描写一段从舄湖湿地展开的浪漫爱情，候鸟e人的情节就像不同季节候鸟的飞翔路径，从七股到关渡，从马祖无人小岛来到时尚现代的台北街头。小青、邵韩和湘子，三个频率接近，彼此互为同伴。却不得不在讲求唯一的爱情里，面对着得到与失去的角色。鸟人和黑琵在网络里相遇，也在现实生活里交会。邵韩和小青在到七股赏鸟的途中，两人因擦撞而结识。彼此剑拔弩张，邵韩的好友小汪同时也爱上了小青。等到两人终于在现实世界中相识，爱情与友情的取舍，该如何是好。而邵韩以为死去的初恋女友湘子，其实还在人世，过往的真情、愧疚与责任，新欢与旧爱之间的挣扎，更令他手足无措。至情至性的他，该如何抉择？偷偷爱着小汪的丁丁，痴痴守候着丁丁的小谢，又会发展出怎样的情节。